É possível.
Recentemente, testei alguns cenários no Ubuntu em uma máquina virtual que executa trojans e similares. Devido ao modo como o WINE é executado, é fácil ver e eliminar o processo, mas ele pode executar malwares - até mesmo como serviços.
No entanto, geralmente é invisível para o usuário final, como a maioria das chaves de registro ou Internet Explorer que simplesmente não fazem nada.
Mesmo com o que foi dito acima, eu nunca olhei longe o suficiente para os arquivos para realmente descobrir o que eles estavam fazendo - tenho certeza que estava esperando por um comando ou similar.
A má notícia é que, sem uma boa experiência no Linux, é difícil de remover. Eu tentei desinstalar e reinstalar o WINE, mas a configuração e vários arquivos armazenados ainda permanecem - você tem que fazer uma exclusão manual completa da configuração e unidade do WINE (localizada em '~ / .wine'), e vários outros scripts de configuração. p>
Eu sei que foi infectado como sempre que eu reiniciei a máquina depois de infectar deliberadamente, services.exe (eu acho que foi chamado) e vários processos WINE iniciados automaticamente com a máquina e levaram tempo de CPU enorme, pois como ele nunca fez nada disso no passado.