Sim, este site e outros fóruns estão cheios de postagens sobre dados perdidos por um motivo ou outro.
Você deve ter sempre um backup recente de seus dados importantes.
Além de um backup de seus dados, você pode criar uma imagem do sistema do disco rígido antes de instalar um Service Pack, conforme sugerido pelo membro slhck.
O Vista Business e o Ultimate têm a capacidade de criar uma Imagem do Sistema integrada, caso contrário você faria precisa instalar software para fazer uma imagem do sistema, algo como Este software
Quando o Windows instala um service pack, ele cria automaticamente um ponto de restauração do Windows, o que pode ser útil para reverter a instalação do service pack se algo der errado, mas não deve ser usado como substituto para backups de dados ou imagens do sistema.
Restauração do sistema no Windows Vista
Restauração do sistema a partir de um disco de instalação do Vista ou usando o F8 no momento da inicialização