Enquanto o menu suspenso é exibido, Ctrl + Desloca + clica no histórico de configuração da execução que você deseja remover. Uma caixa de diálogo será aberta para confirmar a exclusão.
Você pode desativar a caixa de diálogo de confirmação nas preferências do Eclipse: Janela > Preferências > Executar / Depurar > Lançamento : desmarque "Solicitar confirmação ao remover uma configuração do histórico de lançamento".