Eu enfrentei o mesmo problema e resolvi pessoalmente. Abaixo está a resolução: -
Basta ir para a unidade em que o seu Chrome foi instalado anteriormente e, em seguida, para o caminho como D:(Older Drive Name)\Users\User\AppData\Local\Google\Chrome\User Data\default
e, a partir daí, copie o arquivo Bookmarks
e cole-o no novo sistema operacional no mesmo local em uma unidade diferente, como no meu caso, foi C:\Users\User\AppData\Local\Google\Chrome\User Data\Default
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