Você deve conseguir fazer isso a partir de uma linha de comando usando o comando newfs_msdos
. Por exemplo:
#> newfs_msdos -F 32 -V somevolumename /dev/youdiskdevice
O comando leva muitos argumentos que você pode querer explorar .. -c
cluster-size por exemplo.
Tenho certeza de que você pode pesquisar no Google por newfs_msdos para alguns exemplos de uso e também man newfs_msdos
Espero que isso ajude!