Este é um trabalho perfeito para o AutoIt: link
Aqui está um roteiro que eu joguei para você. Coloque-o em um arquivo .au3, substitua o bloco de notas pelo seu exe e, para o Run, inclua o caminho completo:
#include <Timers.au3>
While 1
Sleep(10)
$idleTimer = _Timer_GetIdleTime()
If $idleTimer > 60000 And Not ProcessExists("notepad.exe") Then
Run("notepad.exe")
ElseIf $idleTimer < 10 Then
ProcessClose("notepad.exe")
EndIf
WEnd