Se o próprio SO estiver mostrando setores defeituosos, sua unidade está indo para baixo. O hardware deve estar removendo setores defeituosos do serviço de forma transparente, e pode ter ficado sem setores sobressalentes para remapear. Se este for o caso, seus dados estarão em risco.
Eu levaria a sugestão de David ao coração e migraria seus dados o mais rápido possível. Você pode querer instalar o "smartmontools" e executar o smartctl para ver o que o próprio dispositivo informa.
Você pode tentar usar o utilitário "badblocks" no dispositivo bruto que hospeda sua unidade NTFS, pois ele funciona no dispositivo e não depende do sistema de arquivos. Certifique-se de ler as páginas man CUIDADOSAMENTE e use o modo não-destrutivo. Ele deve ser capaz de ler cada setor e, em seguida, reescrever cada setor. Isso deve forçar a própria unidade a remapear todos os setores problemáticos. Teste este procedimento em um dispositivo USB ou outra mídia primeiro.
Eu recomendo que você diga aos badblocks para processar um grande número de setores por vez, já que um drive de 1TB levará muito tempo para escanear.
Novamente ... verifique se você sabe o que está fazendo. Um recibo e seus dados são torrados.
Se os dados são valiosos para você e você não está confiante em suas habilidades, você pode querer usar uma solução comercial como o SpinRite (porém, é caro e exigirá uma maquina do Windows). Note, eu nunca usei o SpinRite, mas eu já ouvi coisas boas sobre isso online.