Em um navegador, você pode exibir um FLV com canal alfa apenas alterando alguns parâmetros.
Veja o seguinte artigo para um exemplo:
Vídeo Alfa e HTML: Como eles fizeram isso?
Se você está procurando um software para fazer isso, não conheço nenhuma boa solução de código aberto, mas há uma alternativa comercial de baixo orçamento: Moyea Flash Video MX Pro ($ 99.95), com um teste gratuito para verificar. Você pode assistir a um tutorial em vídeo de demonstração aqui .
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O K-Lite Codec Pack é dito no Guia do Codec para conter todos os sabores do codec VP6: VP60, VP61, VP62, VP6A, VP6F.