Os bits são grupos de três, os resultados estão corretos, eu realmente não entendi o ponto que você entendeu mal. 5 é lido, executado, mas a ordem do rwx não muda. Considere-os como interruptores, eles podem estar em (r / w / x) ou off (-). Aqui, novamente, uma visão geral dos valores:
7(8) = 111(2) => rwx
5(8) = 101(2) => r-x
1(8) = 001(2) => --x