Eles devem funcionar bem. Eu acho que o fator limitante (e a razão pela qual eu acho que isso é um plano ruim) é o uso de um KVM. A maioria dos KVMs está ciente de que a largura de banda de vídeo seriamente prejudicada (torna a imagem mais difusa / menos nítida), o que seria uma espécie de desperdício w / r / t das sofisticadas placas de vídeo.
Claro, o SLI seria bom, mas se as duas placas gráficas tiverem um propósito / função bastante distinto, não vejo problemas em usar as duas, uma de cada vez. Se o seu monitor aceitar várias entradas, eu aproveitarei isso, em vez de usar o KVM.