Não se preocupe, é comum em um ambiente de servidor não ter nenhum sistema de janelas instalado. Algumas razões pelas quais:
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Consumo de recursos - dependendo do uso do servidor, você normalmente deseja que a maioria dos recursos seja utilizada pelos clientes de serviço do programa e não execute o próprio servidor.
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Segurança - quanto menos você tiver instalado, menos facetas do seu servidor estarão abertas para ataques.
entre outros, você pode querer considerar a estabilidade (se estiver usando um software de janelas atualizado), tempos de inicialização mais rápidos (normalmente podem ser modificados no inittab para evitar a GUI) e problemas no PEBKAC. Em algumas das telas de logon da GUI, você observará opções como desligamento, reinicialização, alteração do gerenciador de janelas e assim por diante. Com uma interface baseada em texto, um transeunte terá dificuldade em atrapalhar o sistema se a torre estiver bloqueada. Não há muito o que fazer com um prompt de login preto. Com a GUI, por outro lado, as pessoas podem facilmente desligar o sistema. No Linux, você notará que a maior parte da administração é mais rápida na linha de comando, supondo que você conheça os comandos básicos também.
Alguns links valiosos:
O Guia Oficial do Servidor Ubuntu (10.4)
O projeto de documentação do Linux
O primeiro é o seu companheiro para administrar o Ubuntu 10.4 a partir da linha de comando. TLDP é a referência clássica para todas as coisas Linux. Eu ficaria com o guia do servidor inicialmente, já que o TLDP também possui recursos pertencentes às distribuições baseadas no Redhat, o que pode confundi-lo a princípio.