Isto é o que você precisa ler, uma introdução ao portage , o gerenciador de pacotes em Gentoo.
Para atualizar tudo (incluindo dependências e alterações para usar sinalizadores), então
emerge -avDuN world
Para atualizar um único pacote (novamente prestando atenção nas dependências, etc.):
emerge -avDuN <package-name>
Uma atualização básica, sem verificar as atualizações de dependências, seria
emerge -avu <package-name>
O -a significa "perguntar", que é para confirmação, e o -v significa "detalhado", para dar mais informações sobre o que está sendo feito.