Teoricamente sim. Você pode bloquear o armazenamento de nível inferior e impedir que a tabela de arquivos seja editada. Ou recriar o arquivo a cada vez.
Na prática, é mais fácil derramar tudo. As unidades do tipo U3 ou de segurança são exibidas como duas partições ou uma partição de CD e unidade USB. Uma é somente leitura, a outra é gravável.