Pergunta antiga, mas primeiro acerta no Google e não há resposta correta.
Esses arquivos são arquivos de "bloqueio", geralmente criados por um editor. Arquivos de bloqueio vêm em muitas formas diferentes, mas emacs
e joe
criam links simbólicos nomeados em seu exemplo - como. # [Nome-original-do-arquivo].
Os arquivos de bloqueio são usados para impedir que várias instâncias editem o mesmo arquivo, simultaneamente (por exemplo, dois usuários diferentes que desejam editar o mesmo arquivo).
Se você correr
$ joe netMHC3.2.py
um arquivo de bloqueio será criado chamado
.#netMHC3.2.py
Quando o editor é fechado, o arquivo é excluído. Se o editor falha, fica para trás e se torna um "bloqueio obsoleto". Você pode excluir o arquivo manualmente nesse ponto, mas a maioria dos editores fornece essa opção automaticamente ao editar o arquivo na próxima vez.