Deve ser
ffmpeg -i video.mp4 -filter:v "minterpolate=fps=60" -c:a copy output.mp4
filter é uma opção aplicada a todos os fluxos qualificados. Se -filter:v:2 for especificado, ele será aplicado ao terceiro fluxo de saída de vídeo. -filter:v será aplicado a todos os fluxos de saída de vídeo e -filter a todos os fluxos de saída (vídeo, áudio, legenda) que estão sendo processados.
Como -filter foi especificado no comando do OP, o ffmpeg também foi aplicado aos fluxos de áudio, mas minterpolate é um filtro somente de vídeo.