Um pouco de pesquisa ociosa mostrou algumas possibilidades:
WinTidy 2 tem layouts / modelos para alinhar ícones. Problemas com o XP SP2, YMMV.
Iconoid permite que você salve as posições dos ícones para várias resoluções, o que pode ajudar com o problema de alteração do encaixe / res.
Tanto quanto eu posso ver, não há recurso embutido para alinhar os ícones à direita da área de trabalho.