Se ele reportar na BIOS, mas não no sistema operacional, é provável que o driver usado pelo sistema operacional não seja compatível com a unidade. É possível que uma unidade seja compatível com AHCI e a outra com IDE legado. Quando você enalbe AHCI, o Windows ignora a unidade IDE (prob sua unidade de inicialização), você está essencialmente tentando inicializar a forma de sua unidade '2nd' (sem os / boot loader). Ao habilitar o IDE, você pode inicializar a partir da unidade IDE, mas o Windows ignorará a unidade AHCI.
Vá para o fabricante da placa m ou do PC e veja se há um chipset ou driver de controlador de disco rígido atualizado especificamente para o Win7x64. Instale também atualizações de firmware para a placa.
Por fim, se você quiser ver rapidamente se pode montar a unidade, ignorando o controlador do mboard, obtenha um conector USB (compartimento de unidade externa) para a sua segunda unidade. Inicialize o win7, conecte seu drive via usb e, se o drive estiver bom, o controlador virtual usb deve reconhecê-lo.