Comando errado. Você precisa alterar o proprietário e o grupo para 'root'.
chown root:root /path/to/directory
E se você quiser endurecê-lo ainda mais coloque o 'imutável' nele com
chattr -i /path/to/directory
(apenas 'root' pode definir isso de volta).
chmod 000 /path/to/directory
remove apenas permissões, mas ainda é de propriedade do usuário (e do grupo ao qual pertence). Não faz isso apenas para 'root'. Remover permissões de um diretório torna-o não-executável e, para que alguém o digite, você precisa desse conjunto.