Não há Win 3.1 gratuito. Mas, você pode obter uma unidade de disquete USB muito barato no ebay.
Agora tudo que você precisa fazer é encontrar uma máquina do MS-DOS para instalá-lo - você se lembra que o Win 3.1 precisa do MS-DOS? Copie os arquivos de instalação do Win 3.1 em um CD ou disco local primeiro, porque não acho que você tenha muita sorte em fazer com que o MS-DOS leia o disquete USB.
Não se esqueça de que o suporte do sistema operacional Windows de 32 bits está executando aplicativos do Win 3.1 - mais ou menos. As versões x64 não (pelo menos eu acho que o suporte ao Win16 ainda está lá nas versões de 32 bits - talvez seja necessário verificar). Vale a pena ver se a sua instalação normal do Windows irá executar o programa.
Eu realmente não consigo imaginar quais aplicativos do Win 3x você deseja executar, exceto por curiosidade (é claro que pode haver mais motivos para querer executar o MS-DOS: link ).
Por fim, se você fizer uma instalação real, espero que esteja planejando fazer isso em uma Máquina Virtual. Fazer com que essas coisas sejam instaladas em uma VM será doloroso o suficiente. Acho que tentar obter instalado em um sistema moderno é provável que seja fútil.