Diferentes áreas de trabalho usam métodos diferentes. Infelizmente, depende totalmente de onde o driver do touchpad aparece na sua sessão. Por exemplo, o Puppy Linux com JWM usa o flsynclient, o KDE usa (o que pelo menos costumava ser) Synaptiks. Realmente, depende de qual área de trabalho você usa. De um modo geral, é melhor deixá-lo para qualquer ambiente que você usa. Se você usar algo como o KDE e o GNOME lado a lado, talvez seja necessário modificar os arquivos de configuração do X11 diretamente, porque suas configurações individuais não interagem. No entanto, se você usar o GNOME ou o Xfce, etc. quase que exclusivamente, use as configurações dessa área de trabalho.
O motivo é simplesmente conveniência. Se você editar a configuração do X ou usar uma ferramenta de terceiros, quando o GNOME tentar desligar o touchpad, por exemplo, para digitação, ele pode ser substituído pelo ambiente. As extensões que gerenciam o touchpad provavelmente não funcionarão. Mesmo que funcionem, suas configurações provavelmente não serão confiáveis porque, quando fizerem algumas alterações automáticas, elas assumirão o controle. Na próxima reinicialização, o sistema terá controle porque é assim que você o configura.
O único caso em que outro cliente é necessário é se você realmente precisa de mais configurações do que o ambiente que você usa.
Observe que o LightDM tem seu próprio usuário e, portanto, você pode efetuar login usando Su para alterar as configurações. Acredito que o usuário lightdm também tenha um centro de controle gnome e possa definir configurações para o touchpad dessa maneira, mas não tenho como dizer com certeza.