O chime de inicialização sempre é reproduzido pelos alto-falantes internos, mesmo em modelos de desktop. Este é um recurso do firmware e não pode ser ajudado. Mas você pode atenuar isso.
Os Macs lembram-se dos diferentes níveis de volume dos alto-falantes internos em relação ao fone de ouvido e salvam essas informações na PRAM. Então, tudo o que você precisa fazer é desconectar seus fones de ouvido (essa é a parte importante), depois silenciar o volume e reinicializar. Você notará que o sinal de inicialização não acontece mais.
Após a reinicialização, você poderá conectar seus fones de ouvido novamente. Qualquer ajuste de volume que você fizer enquanto os fones de ouvido estiverem conectados não afetará o volume dos alto-falantes internos.