É muito provável que você encontre aplicativos que, por boas razões ou não, serão desinstaláveis ou, pelo menos, não suportados nas versões de servidor do Windows. Carbonite, Mozy, LiveMesh, produtos domésticos da Acronis, todos vêm à mente logo de cara. Eu não vi muito o contrário (ou seja, exigindo o Windows Server).
Eu diria colocar o Windows Server em uma VM para trabalhar com qualquer coisa que realmente precise.