Eu finalmente encontrei a resposta.
Parece que o ponto-e-vírgula é um delimitador de backup que o Excel usa se não puder usar a vírgula por algum motivo.
Esse motivo foi no meu caso que o símbolo decimal já estava usando a vírgula. Aparentemente, não é permitido usar o mesmo caractere para o símbolo decimal e o separador de lista.
Para responder minhas perguntas diretamente:
- Como definir o separador de lista para o Excel 2010?
Você pode configurá-lo nas configurações regionais e de idioma. - Por que o excel ignora meu separador de lista alterado? (e como consertá-lo?)
É possível que o símbolo decimal use o mesmo símbolo que o separador de lista, isso não é permitido. Veja a imagem abaixo.