Esta questão é comum.
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Pode fazer qualquer coisa que você possa fazer. Isso inclui excluir todos os documentos que você criou, silenciosamente corrompê-los, enviar para sua esposa o número da sua namorada (ou vice-versa), iniciar uma botnet ou enviar suas informações de renda real para o IRS.
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Com um pouco de ajuda extra (houve uma vulnerabilidade de escalonamento de privilégios em kernels recentes do Linux, por exemplo), ele pode obter acesso root e fazer qualquer coisa que o computador possa fazer. Isso poderia ter efeitos no nível do hardware (embora tenha passado algum tempo desde que eu ouvi falar de um vírus fazendo algo assim.