Não consigo replicar isso no meu sistema (win7 de 64 bits, console2 beta versão 2.00.147), mas parece uma loucura que eu lutei uma vez com um aplicativo de 32 bits lançando um cmd de 32 bits .exe e se perder na pasta system32 do WOW64 (% systemroot% \ SysWOW64).
Se você estiver executando uma versão de 64 bits do Windows, sugiro que verifique o gerenciador de tarefas para confirmar se o console.exe e o cmd.exe são de 32 bits ou 64 bits.
Consegui resolver o problema naquele momento criando um link simbólico para a pasta do sistema de 64 bits e lançando o cmd.exe explicitamente a partir do processo de 32 bits.
cd \windows
mklink /d sysnative system32
faça meu aplicativo de 32 bits iniciar \ windows \ sysnative \ cmd.exe
Trabalho muito desajeitado, mas isso pode ajudá-lo se você tiver o mesmo problema.