Não há, infelizmente, ainda nenhuma boa resposta a esta pergunta. Nenhum dos sistemas de arquivos suportados nativamente pelo macOS ou pelo Windows possui propriedades ideais em todos os três sistemas operacionais:
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O APFS é suportado apenas no macOS.
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O ExFAT é suportado no Windows e no macOS, mas requer um driver FUSE no Linux.
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O FAT32 é suportado em todos os três sistemas operacionais, mas tem sérias limitações: ele não pode representar arquivos maiores que 4 GB e funciona muito mal em grandes volumes. (As versões atuais do Windows recusarão a formatação de uma unidade com mais de 32 GB como FAT32).
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O HFS + é suportado no macOS e no Linux, mas o Linux hesita em montar volumes HFS + como leitura-gravação, e não é suportado no Windows sem ferramentas de terceiros.
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O NTFS é marginalmente suportado por todos os três sistemas operacionais: é nativo para Windows, somente leitura no macOS e requer um driver FUSE no Linux.
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O ReFS só é suportado no Windows.
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O UDF é destinado a mídia somente leitura (como DVDs), por isso não é útil para seus objetivos.
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O suporte a UFS foi removido do macOS 10.6 (2011) e nunca foi suportado nativamente no Windows.