É muito comum simplesmente remover o acesso de gravação a esse arquivo se você não estiver planejando alterá-lo com frequência.
Isso também é sugerido pelo wiki do Arch Linux :
chmod 400 ~/.ssh/authorized_keys
Agora, é claro, esse acesso de gravação pode ser adicionado novamente por um script mal-intencionado, portanto, é necessário definir o arquivo e seu diretório pai como imutáveis:
sudo chattr +i ~/.ssh/authorized_keys
sudo chattr +i ~/.ssh