No que diz respeito a discos rígidos externos, o único risco real é interromper uma operação. Na pior das hipóteses, isso poderia significar que um arquivo grande só é parcialmente escrito e, portanto, está corrompido (imagine perder semanas de trabalho se você quebrou um documento importante). As informações do sistema de arquivos também podem ficar instáveis se a interrupção estiver no meio de uma alteração lá também.
Você pode garantir que isso não seja um problema, primeiro ejetando a unidade. Quando você ejeta a unidade, ela torna a unidade não mais disponível para o sistema de arquivos, mas ainda terminará as leituras / gravações que foram emitidas antes da ejeção (para não matar seus arquivos).
Como são unidades portáteis, também quero mencionar que as unidades mecânicas podem causar danos físicos. Alguns discos rígidos têm um mecanismo que automaticamente puxa o apartus de leitura dentro do disco rígido, mas nem todos eles o fazem. Pode causar danos físicos ao drive se ele for movido enquanto estiver fora. Muitas unidades de laptops foram danificadas devido à queda (embora muitas unidades de laptops nos dias de hoje tenham uma medida embutida que detecta quedas para proteger a unidade).