como é o sistema operacional sobrecarregado com a carga de trabalho das operações de disco, seria um desperdício usar um SSD somente para aplicativos, sim, os aplicativos podem carregar um pouco mais rápido, mas o desempenho geral não será nada comparado para um cenário em que o sistema operacional está instalado no SSD.
sistemas operacionais modernos são encarregados de uma infinidade de operações em segundo plano (multitarefa :). assim, quanto mais rápido o disco em que o sistema operacional está residindo, melhor será o desempenho do sistema em geral.