Como você já está usando awk , use tolower para diminuir as linhas:
awk 'FNR==NR {a[tolower($0)]++; next} !a[tolower($0)]' foo bar
No entanto, isso só imprime linhas em bar que não estavam em foo .
Compare com:
$ sort -f bar foo | uniq -iu
http://example.com
http://example1.com
http://seperate.com
Com awk , você também precisa imprimir todas as linhas que foram vistas apenas uma vez:
$ awk '{a[tolower($0)]++} END {for (i in a) if (a[i] == 1) print i}' foo bar
http://seperate.com
http://example.com
http://example1.com