Eu consegui resolver isso.
No Windows há uma opção chamada "Abrir prompt de comando como administrador". Uma nova janela não abre nesse caso.
Estou no prompt de comando do Windows 7. Quando eu corro o seguinte comando
"C:\Program Files\abc.exe" help > out.txt
abc.exe é um programa de terceiros que exibe algumas informações. O que acontece é que uma nova janela é aberta, a ajuda do abc.exe imprime a saída na nova janela, a janela é fechada e eu volto para a janela original. O arquivo out.txt permanece vazio.
Como posso evitar que o abc.exe abra uma nova janela? Posso forçá-lo a exibir sua saída na mesma janela original para que ele possa ser redirecionado para out.txt.
Pode ser que o aplicativo não tenha saída para STDOUT ou STDERR, mas tente isso
"C:\Program Files\abc.exe" help > out.txt 2>&1