A resposta para isso é que TrueCrypt, na conclusão da operação de formatação, abre uma caixa de diálogo solicitando acesso de Administrador (provavelmente se você tiver o UAC ativado, o que eu faço). Mas se não houver resposta a esse diálogo dentro de um tempo razoável (alguns minutos, eu acho), então o diálogo expira e falha, causando a mensagem de erro observada.
Como a operação de formatação durou quase 24 horas, eu não estava sentado assistindo a conclusão. Quando percebi isso e o corriquei, prestei atenção ao tempo restante e me assegurei de que estava lá para responder ao Diálogo quando a operação de formatação terminasse.