Quais são as verdadeiras diferenças entre os dois?
Ambas servem o mesmo propósito: executar um programa na inicialização do Windows.
As diferenças óbvias são:
Eu não acho que isso seja suficiente para justificar os dois. O que estou perdendo?
Você está perdendo nada. A pasta de inicialização é para o usuário gerenciar, enquanto o registro deve conter coisas que não devem ser gerenciadas diretamente pelo usuário inexperiente. Por exemplo, programas que estendem os drivers de hardware (por exemplo, o Catalyst Suite para Placas ATI) ... Não há outra diferença além do que você já observou.
Muito disso é exatamente o que você disse. O menu Iniciar é projetado para iniciar atalhos de programas quando você efetua login por conveniência (nível de usuário), enquanto o Registro de execução é para iniciar programas que devem ser executados não importa o que (mesmo se você não quiser) ( nível de sistema).
A principal diferença que vejo é que um programa de inicialização definido no registro começa com o sistema, antes que o desktop possa ser utilizado pelo usuário; se você definir na pasta de inicialização, ele será iniciado quando o logon do usuário após o destino puder ser usado pelo usuário.
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