How do I prevent this from happening?
Você não pode. E mesmo se você pudesse, você não deveria.
Quando o pop-up foi bloqueado, ele foi bloqueado. A página inteira precisa ser recarregada para garantir que o site se comporte adequadamente.
Exemplos:
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O URL do pop-up está vinculado a alguma variável. Esta variável pode ter mudado.
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Parte do código só é executada se o pop-up puder ser aberto.
EDIT: Se um link abrir o pop-up, pressionar Ctrl enquanto clica no link deve abrir o pop-up sem precisar atualizar a página.