Se você instalar seus programas no HD, você perderá a vantagem de acesso aleatório do SSD. A maioria dos arquivos do sistema operacional mais usados (kernel e DLLs) deve estar na memória quando você iniciar os aplicativos, por isso é mais útil instalar programas no SSD também.
Você pode instalar programas individuais no HD alterando o diretório de instalação durante o processo de instalação. Se o programa já estiver instalado, você pode mover seu diretório para o HD enquanto o programa não está em execução e criar uma junção (NTFS 5 no Windows 2000 e superior) ou link simbólico (NTFS 6 no Vista e acima) no local original para aponte para o novo local. Uma junção (ou link simbólico) é como um atalho, mas funciona em um nível inferior. O Link Shell Extension pode ajudá-lo a criá-los (e mover os arquivos).
Você também pode mover toda a sua pasta Arquivos de Programas para outra partição e montá-la como pasta "Arquivos de Programas". Mas isso é bastante arriscado e difícil de manter.