Algumas das vantagens incluem:
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O servidor DNS localizado pode fornecer melhor desempenho porque lida diretamente com servidores raiz
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Os recursos são dedicados apenas aos computadores que você autorizou a usar o servidor DNS (diferentemente dos servidores DNS do ISP, que estarão atendendo a maioria dos clientes e possivelmente despejando registros antigos mais cedo {re-consultando uma zona não armazenada em cache) tempos de resposta})
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Você pode adicionar zonas personalizadas para outros fins (por exemplo, uma intranet)
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A segurança pode ser melhor porque outra pessoa não pode adulterar seu cache (supondo que você tome medidas razoáveis para proteger seu sistema)
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Se os servidores DNS do ISP estiverem inativos (normalmente muito raros), isso não afetará você
Eu gerencio meus próprios servidores DNS em casa e também os configuro para meus clientes que usam servidores Unix.