Você pode usar o comando find
para identificar apenas arquivos regulares (digite f
) recursivamente
find rootdir -type f
Se isso mostrar os resultados esperados, exclua-os
find rootdir -type f -delete
NB, esta é uma exclusão real, não uma "mudança para a lixeira", portanto, tenha 100% de certeza de que é o que você realmente quer fazer antes de executar o comando.