Eu não acho que há aplicativo GUI está disponível no repositório do Ubuntu.
Mas você pode simplesmente converter seus formatos necessários no terminal. Tente o seguinte,
Primeiro você precisa instalar o libav-tools
, Abrir o terminal ( Ctrl + Alt + T ) e digitar o comando abaixo,
$ sudo apt-get install libav-tools
Agora você pode fazer as suas necessidades, para arquivos FLV para MP4
$ avconv -i input.flv -codec copy output.mp4