Eu não sei por que isso resolveu isso, mas eu desconectei minha unidade de DVD da placa-mãe e da PSU e o computador agora inicializa dentro de 15 segundos e o problema com o USB desapareceu.
Pensei em postar isso como uma resposta, em vez de excluir a pergunta na esperança de que isso pudesse ajudar alguém no futuro.