É bem fácil usar o comando avconv na linha de comando. Você não precisa se preocupar em dividir em um quadro-chave se, como o questionador mais tarde especificou, você está cortando um Outro (o final do vídeo). Aqui está um exemplo:
$ avconv -i videoandoutro.webm -t 00:03:30 -codec: copy videoonly.webm
Isso levaria o videoandoutro.webm e criaria um novo arquivo, videoonly.webm, e o truncaria após exatamente 3 minutos e 30 segundos.
O corte de uma introdução também não é muito mais difícil, mas isso será executado em problemas de quadros-chave.
$ avconv -ss 00:01:01 -i jossintro.webm -t 00:00:30 -codec: copy oatybar.webm
O texto acima pegará um arquivo .webm chamado "jossintro.webm" e cortará uma fatia a partir de 1 minuto e 1 segundo. A saída será colocada em "oatybar.webm", que é recortada para (cerca de) 30 segundos de duração. O resultado será um pouco mais longo, já que o horário de início será arredondado para o quadro-chave anterior.
[Note que o avconv é baseado no ffmpeg, e então essa ferramenta provavelmente também funcionará, mas eu testei isso apenas com o avconv.]