Você precisa garantir que o servidor emacs seja iniciado. Adicione o seguinte ao seu arquivo .emacs:
(server-start)
E então sempre use o emacsclientw.exe para iniciar o emacs.
Para referência, eu uso um arquivo emacs.cmd que se parece com isto:
@echo off
if "%1"=="" goto nofile
start "" "c:\emacs\bin\emacsclientw.exe" -n %*
goto end
:nofile
start "" "c:\emacs\bin\runemacs.exe
:end
A instância "runemacs" é porque o emacsclientw requer que você especifique um nome de arquivo.