Sim, isso é absolutamente possível. Use o Utilitário de Disco, faça as duas partições e use o sistema de arquivos estendido do Mac OS X (Journaled) para a partição que você deseja usar para o Time Machine.
É possível particionar um disco rígido em dois e usar uma partição para o Time Machine e o outro para outros usos? Estou executando o Mac OS X 10.6.5 se isso faz alguma diferença.
EDITAR : Para esclarecimentos sobre futuras referências: desejo fazer isso com um disco rígido externo.