Você está perdendo o traço antes de -name , por isso estava procurando caminhos chamados . , name e CVS , onde o ponto faz referência à pasta atual, portanto, excluindo tudo.
The find utility recursively descends the directory tree for each path listed.
Você pode testar facilmente usando echo antes do comando que deseja executar:
find . name CVS -exec echo rm -fr {} \;