Aqui está outra abordagem Perl:
perl -F, -lane 'print join ",",sort {$a<=>$b} @F' file.txt
E outro shell / coreutils (embora, pessoalmente, eu prefira a excelente resposta
while read line; do
tr , $'\n' < <(printf -- "%s" "$line") | sort -g | tr $'\n' , | sed 's/,$/\n/';
done < file.txt