Você pode achar um benefício aspirar os bancos de dados sqlite. Este comando deve fazê-lo (no Linux):
cd ~/.mozilla/firefox/dasda418.default
for i in *.sqlite
do
echo 'vacuum;' | sqlite3 $i
done
em que dasda418.default
é seu diretório de perfil do Firefox. Obviamente você tem que fazer isso quando o Firefox não está rodando. No Windows o comando é :
for %i in (*.sqlite) do @echo VACUUM; | sqlite3 %i
Isso compactará os bancos de dados, tornando-os menores e poderá resolver seu problema.