Diferentemente da ST2, que continha tudo no diretório Packages , os pacotes na ST3 estão localizados em arquivos zipados .sublime-package no diretório Installed Packages (em AppData/Roaming/Sublime Text 3 ). O Sublime é configurado internamente para exibir um arquivo contido em um .sublime-package archive como originário de Packages , mesmo que fisicamente não esteja no disco.
Se você quiser acessar os arquivos em um arquivo .sublime-package (que eu não recomendaria a menos que você esteja absolutamente certo do que está fazendo), instale o PackageResourceViewer pacote através do Package Control e utiliza os comandos da Paleta de Comandos.