Use o parâmetro :style
em seu projeto de publicação. Por exemplo:
(setq org-publish-project-alist
'(("Homepage"
:base-directory "~/git/homepage/"
:base-extension "org"
:publishing-directory "~/public_html/"
:publishing-function org-publish-org-to-html
:style "<link rel=\"stylesheet\" href=\"style.css\" type=\"text/css\" />")))
Você também pode definir uma opção por arquivo como esta:
#+STYLE: <link rel="stylesheet" type="text/css" href="stylesheet.css" />
Faça o C-h org-export-html-style TAB TAB para listar várias opções relacionadas ao estilo para exportação HTML.