Aqui está como eu converti todos os arquivos raw mts da câmera usando o handbrakecli da linha de comando (aqui eu usei a linha de comando do bash no mobaxterm)
Primeiro, verifiquei no arquivo de log GUI do handbreak quais opções eram usadas quando eu estava convertendo o single mts da GUI. Tendo isso eu criei o arquivo com opções (no exemplo chamado 'opcyje') que mais tarde usei para processamento em lote.
[mobaxterm] ➤ ls *.mts
00139.MTS 00141.MTS 00143.MTS 00145.MTS 00147.MTS 00149.MTS 00151.MTS 00153.MTS
00140.MTS 00142.MTS 00144.MTS 00146.MTS 00148.MTS 00150.MTS 00152.MTS 00154.MTS
[mobaxterm] ➤ cat opcyje
-i **${i}** -t 1 --angle 1 -c 1 -o **${i%.*}**.mp4 -f mp4 -w 1920 --crop 0:0:0:0 --loose-anamorphic --modulus 2 -e x264 -q 20 --vfr -a 1 -E av_aac -6 dpl2 -R Auto -B 160 -D 0 --gain 0 --audio-fallback ac3 --encoder-preset=veryfast --encoder-level="4.0" --encoder-profile=main --verbose=1
[mobaxterm] ➤ type HandBrakeCLI.exe
HandBrakeCLI.exe is hashed (/cygdrive/c/Program Files/Handbrake/HandBrakeCLI.exe)
[mobaxterm] ➤ for i in *.mts;do eval HandBrakeCLI.exe $(cat opcyje);done
Funcionou perfeitamente.