Esta é uma pergunta que você verá em perguntas relacionadas ao banco de dados (como utf-8 vs latin1 ou quando usar utf-8 . Em geral, o UTF-8 é mais completo e mais amplamente adotado.Então quem desenvolve é mais propenso a suportar utf-8 do que algo como latin1, que eu (talvez erroneamente) associo com plataformas windows mais do que qualquer coisa mais.
O denominador mais comum hoje é utf-8, então eu mudaria para isso. A conversão de documentos existentes não deve ser um problema se você usar set fileencoding=utf8
e salvar. Veja também este post sobre conversão no vim .