Existem cálculos de soma de verificação aqui e ali ao copiar arquivos (os pacotes IP possuem somas de verificação, certos dispositivos de bloco, como CDs ou DVDs, têm ECC), mas não há realmente nada que forneça proteção de ponta a ponta. Mesmo o ZFS (que possui verificação CRC integrada) está sujeito a falhas quando o sistema lê os dados corretos e grava os dados errados (bug de software, erro de bit de cache, etc). Uma vez eu tive um HDD que tinha dois bits ruins em sua RAM, causando problemas de corrupção de dados muito raros, mas muito desagradáveis. Você está fazendo um favor a si mesmo se mantiver um banco de dados de checksum (ou melhor, CRC ou hash) para os arquivos que você pretende manter por um longo tempo.